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ザ・パーシステンス Enhancedのストーリーの概要や全エンディングについて、更には考察としてよくあるテーマをまとめました。
ストーリー概要
舞台は西暦2521年。深宇宙を探索中のコロニー船「ザ・パーシステンス」は、航行中の事故によりブラックホールの重力圏に捕らわれてしまいます。
船内は壊滅状態で、ほとんどの乗組員は死亡。しかし、船の自動修復システムが機能不全を起こした結果、死亡した乗組員のDNAデータから「恐ろしい変異体（ミュータント）」が次々とプリントされ、船内は地獄絵図と化しました。
主人公であるセキュリティ担当官ジムリ・エダーも一度死亡していますが、彼女の意識（エングラム）はバックアップされており、船のエンジニアであるセレナ・カリーム（彼女も意識のみの存在）の助けを借りて、クローン体として何度も復活しながら、船を修理し地球へ帰還することを目指します。
全エンディング
大きく分けて3つの結末（エンディング）が存在します。物語の終盤、修復が完了した船の「フライトコンピュータ」に誰の意識を転送するかの選択、あるいは特定の条件達成によって分岐します。
ジムリのみを保存するエンディング
内容: ジムリの意識だけをコンピュータにアップロードし、彼女だけが（データとして）地球へ帰還します。セレナは船に残り、消えゆく運命を受け入れます。
セレナのみを保存するエンディング
内容: セレナの意識を優先して保存します。ジムリは自分の役割を果たしたとして、船と共に残ります。
スーパー・ハッピーエンディング（真エンディング）
条件: 全4つのデッキで目的を完遂した後、最終エリア（Point of No Return）の先で、特定の選択肢ではなく、さらに奥にあるターミナルを目指して3つの戦闘部屋を突破する必要があります。
内容: ジムリとセレナ、両方の意識をフライトコンピュータにパッチすることに成功します。
結末: 二人はデータとして共に地球への帰還路につきます。セレナは「孫娘に会えるかもしれない」と希望を語り、二人は未知の未来に向けて準備を整えるという、最も前向きな幕切れとなります。
考察一覧
クローンと「自己」のアイデンティティ
このゲームの核心的なテーマは「自分とは何か？」という点にあります。プレイヤーが操作するジムリは、死ぬたびに新しいクローン体としてプリントされます。
考察: 前の体の記憶を引き継いでいても、それは「オリジナル」ではなく、あくまで「コピーのコピー」です。ゲーム内で「Persistence（持続・固執）」という言葉が使われているのは、死を超えて目的を達成し続けるという執念と、それによって削り取られていく人間性の危うさを象徴していると考えられます。
ミュータント（感染者）の正体
船内を徘徊するミュータントたちは、もともとはジムリの仲間だった乗組員たちです。
考察: ブラックホールの強力な放射線や重力の影響で、船の「クローン・プリンター」のデータが破損・汚染されたために、あのような異形の姿で誕生してしまいました。彼らは「正しく再生されなかった人間」の成れの果てであり、テクノロジーが制御不能に陥った際の恐怖を体現しています。
ブラックホールの象徴性
ブラックホールは「逃れられない運命」や「死」そのものの比喩として描かれています。
考察: 船がイベントホライズン（事象の地平線）に近づくにつれ、時間や空間が歪み、現実感が失われていく描写があります。その中で「意識（エングラム）」だけを抽出して持ち帰るという結末は、肉体という物質的な限界を捨てて、情報としての「魂」だけが救済されるという、SF的な解脱（げだつ）とも解釈できます。